元素神殿分为简单、中等、困难、超凡、灭世四个难度等级，每个难度都有不同层数的挑战。其中，超凡难度拥有7层，而其他难度则各有8层。每一层都设有独特的进入条件，这些条件与圣灵装备附带的四个属性——鸿蒙、混沌、灵气、天神密切相关。玩家需要通过穿戴圣灵装备并积累足够的属性值，才能满足进入下一层的条件。
圣灵装备在游戏中扮演着至关重要的角色，它们分为三类：中四件(头、手、腰、鞋)、下三件(链、甲、戒)以及上两件(剑、盾)。每一件圣灵装备都能为玩家提供不同的属性加成，是挑战元素神殿的关键所在。
元素神殿每天为玩家提供两次免费进入的次数，同时还可以通过消耗灵符额外购买两次进入机会(每次消耗800灵符)，总共可进入四次。这样的设定既保证了玩家有足够的挑战机会，又通过灵符购买机制增加了游戏的多样性和可玩性。
在元素神殿中，难度和层数的不同将导致掉落的物品也有所差异。从中等难度的第三层开始，玩家就有机会获得下三件的掉落(虽然概率较低)。而在超凡难度的第五层及以上，玩家则有机会获得11级以上的中四件装备(同样概率较低)。此外，元素神殿还遵循“左出左、右出右”的掉落规律，这意味着玩家如果想要获得特定部位的装备，就需要击杀对应层数的boss。